（本文作者為A9-拉莫斯）
故事梗概
邊境行星烏洛波洛斯(ウロボロス)，因為時常發生、被稱為烏洛波洛斯之光（ウロボロスオーロラ）的現象妨礙了空間越遷，導致和外界處于半隔絕狀態。雖然也有諸如新統合軍特殊部隊哈瓦瑪爾（ハーヴァマール）這樣的軍事力量駐扎，但正規軍力量依然薄弱，竟成為了強盜，恐怖主義者，反政府勢力，逃走軍人這類不法份子的天堂。而相對的，民間也成立了獵人公會（ハンターギルド），以雇傭賞金獵人的形式自發的維持治安。
主人公里昂?榊（リオン?榊），當年滿懷熱情的同妹妹米婭?榊（ミア?榊），以及摯友也是妹妹的戀人羅德?巴爾特馬（ロッド?バルトマー）一起參軍，卻在天頂星人襲擊事件中同妹妹陰陽兩隔。留下無法釋懷的兩個生者，最終分道揚鑣，里昂離開軍隊加入了S.M.S，而羅德卻從此音訊全無。
時間一轉眼到了2060年，來到烏洛波洛斯，前往S.M.S烏洛波洛斯支部進行運送任務的里昂，卻遭遇不知名敵人的襲擊，因為機體性能的差異被擊落，結果以最意想不到墜機的方式登陸了此行的目的地。
幸運的是，救起主角的正巧是S.M.S烏洛波洛斯支部部長兼宇宙考古學家天才（美，自稱）少女愛夏?普蘭謝特（アイシャ?ブランシェット）。雖然因此勉強完成了任務，但因為此時突發的大規模烏洛波洛斯之光現象，被困在了烏洛波洛斯星無法離開。只得作為支部臨時社員開始了在沃洛波洛斯行星兼職賞金獵人的新生活。
除了交通困難和治安糟糕之外，行星烏洛波洛斯另一大特色是擁有大量原始文明留下的古遺跡和設施。而探索這些遺跡就是身為遺跡宇宙考古學家的愛夏，最重要的日常“娛樂”，事實上現在作為支部移動辦公室和機庫的母艦吉菲昂（ゲフィオン）正是這種“娛樂”的收獲之一。
在某一次的遺跡之旅中，兩人意外喚醒了沉睡于遺跡深處裝置中、之后自稱為米娜?弗爾蒂（ミーナ?フォルテ）的失憶少女。考慮到遺跡同這少女的聯系，為了幫助她取回記憶，愛夏開始和同樣對古代遺跡有濃厚興趣的哈瓦瑪爾司令藤堂潮頻繁往來，以期取得更多古代遺跡的位置和信息。而這也確實取得了效果，每一次拜訪新的古代遺跡都讓米娜取回了一部分的記憶。
終于米娜完全回憶起了自己的使命和來歷，在遙遠過去的沃洛波洛斯，為了封印原始文明留下生體兵器Fold?Evil（フォールド?エビル，折疊惡魔？空間惡魔？），必須需要大量的歌能量，雖然也誕生了米娜這樣的佼佼者，但一個人的力量終究有限。古代烏洛波洛斯人們只好退而求其次，讓米娜進入儀器沉睡，用她源源不斷的歌能量暫時封印住Fold?Evil，并期待未來的某一天，能集結更多有強大歌能量的歌姬，永遠解決這個禍害。
然而隨著時間的推移，封印的力量越來越弱，米娜這次被喚醒，正是肩負著跨越時空集結馬庫羅斯各個時代的歌姬，重新啟動六處封印，最終再度封印Fold?Evil的使命。不過這也意味著米娜將再度進入千年之眠。
在這個過程中，主角意外的遇到了已經加入哈瓦瑪爾的羅德，并在屢次交手后知道了藤堂的目的，妄圖把自己同Fold?Evil融合，啟動行星上最大規模的遺跡伊娃?阿卡（ユルヴァ?アーガ）改寫歷史的力量，改變地球被天頂星人侵略的過去。而羅德也是因此看到了讓死去的戀人米婭復生的可能，而和藤堂走到了一起。
故事的最后，終于等來最后的遺跡被啟動的藤堂，為了借助米娜的力量來同Fold?Evil融合，對愛夏啟動了強行控制天頂星人的植入物程序，擄走了米娜。
最終的決戰，正是在救出兩個妹子的大義下，于成功融合Fold?Evil的藤堂及其跟班羅德，同我方一眾系列史上傳奇駕駛員加上主角里昂之間展開的。。。。。。
最后的最后，根據先救哪個妹子的不同，有不同的CP結局。當然還有喜聞樂見的雙飛翅膀結局，這我就沒打出來了。
一些補充
關于角色：本作的主要原創角色除了文中提到的之外，還有兩個比較重要的：一個是不法份子聯盟Bandit（バンデット，這名字真是直白）的小頭目（？）加內斯?莫多拉(ガネス?モードラー)：一心想要娶愛夏為妻，又一心崇拜著從初代穿越過來——外號“自己人也殺”的天頂星人金正（味方殺しのカムジン）——并奉他為大哥的家伙。一個是布利泰市（烏洛波洛斯首都，本體是移民來的MACROSS級8號艦General?Vrlitwhai?Kridanik（ジェネラル?ブリタイ?クリダニク））獵人公會代表，對愛夏生為女天頂星人，天生擁有的好身材羨慕嫉妒恨，年齡成謎（據愛夏語）的天才貧乳（美，還是自稱）少女梅?麗瓏（メイ?リーロン）。
關乎本作標題超時空要塞30:一方面指的是本作為系列30周年紀念作，一方面也暗指河森為本作新設計的主角專用機——YF30柯羅諾斯，是搭載例如F.D.R.這類黑科技，能夠實現單機空間越遷的本作理論最強機體，卻因為沒有外掛（超級包，雷旋風包之類的）和正式能夠使用極晚（最后一章），在游戲里的地位有些微妙。
關于MF：雖然MF連續參戰讓不少人頗有微詞，不過本作里MF系在劇情中的地位確實遠比別的作品吃重，舉例說明：有人是主角新的好基友（元祖基友最后怒領便當），早早加入之后就無時無刻不陪伴在主角身邊，甚至為此一度置當時病重的雪梨不顧（霧）。雪梨是最早加入的歌姬，也是其中唯一和別的所有歌姬都有互動的（蘭卡的待遇差很多）。MF是幾個作品里親友團出的最多的，甚至還有幾乎整個親友團被來自超時空要塞PLUS的虛擬歌姬夏濃（シャロン?アップル）洗腦（沒有MP的情況下，BX里也不知會不會有這段）為敵人，打得玩家找不著北到處逃竄的戲碼。
關于名詞梗：除了故事的舞臺烏洛波洛斯是來源于常見于各古老文明，著名神話符號銜尾蛇之外。本作也有些來自北歐傳說的名字：比方藤堂的部隊名字來源于古詩集埃達中的一篇，又名高者的箴言，這高者指的就是奧丁，所以元組基友羅德的代號就是奧丁1，相對主角的代號是齊格飛1，感覺弱了不少。原創母艦的名字吉菲昂則是來自北歐神話的未婚媽媽女神，現在丹麥首都哥本哈根還矗立著著名的吉菲昂噴泉。而YF30的代號柯羅諾斯自然就是大名鼎鼎希臘神話中的時間之神了。
角色對照
